巨赞到达桂林后在月牙山寺任住持，并任广西佛教协会秘书长，他以寺庙掩护大批进步人士和左翼文化人，常在寺内集会，除田汉外，还有夏衍、欧阳予倩、聂绀弩、朱蕴山、郭沫若、柳亚子、端木蕻良、廖沫沙、关山月等。1941年巨赞在他们的支持下创办了《狮子吼》月刊，宣传抗日救国和进步思想；他还经常参加爱国诗社“漓江雅集”的活动，并为《大公报》、《救亡日报》撰文。他爱国爱教的高尚品德深受李济深等赞扬，曾被当地誉为“新佛教的领袖”。他在一次由梧州商会等联合举行的讲演会发表演说时，慷慨激昂地说：“佛教徒在这民族危殆、国难当头的艰险时刻，要与各界父老兄弟姐妹和善知识（佛教用语，指佛学知识奉富、德行高超者），同仇敌忾，义无反顾……抗日救国不仅人人有责，而且救苦救难，除暴安良，消灭害人魔鬼，也是大慈大悲的菩萨行为，完全符合佛教大乘精神。”　　　

1942年巨赞离开桂林卓锡桂平西山寺，后任龙华寺住持，1944年日军疯狂进攻，连陷桂林、柳州，入侵广西，巨赞曾避居桂平金田乡山脚村，并随同村民至瑶山亲见瑶王李荣保，为他策划袭击日军并获胜，战后写下了4万多字的《瑶山十日》和《石崖塘夜战》，表达了他对胜利的喜悦。　　　 激浊扬清　革新佛教　　　　经过长期对佛学佛理的参悟和实践，看到佛教界新旧势力的斗争，特别是通过“南岳之难”，巨赞立志从爱教出发革新佛教。　

就在烽火弥漫的抗日战争时，他一面激励广大佛教徒共赴国难；一面深入研究大乘教理，冷静观察和分析佛教界现状。1942年，他与名僧觉光法师（后为香港佛教联合会会长）同住桂平西山龙华寺，朝夕相处，互相切磋，直到1944年因战乱避往北流时，才含悲忍泪与觉光法师告别：　　　　

山门两载赖维持，缘尽思灵未忍离。　　

此去好研真佛理，男儿贵不负相期。　　　

是年冬，巨赞在广西北流“无锡国学专修馆”任教，并完成了《新佛教概论》，提出了“生产化”、“学术化”作为革新佛教的口号。他认为，必须用科学的历史的观点，在理论方面研究大乘教理，才能弃伪扬真，澄清思想，在行为方面，要发扬菩萨的积极精神，无我除执，以之实践理论。对于僧伽制度、僧伽教育的改革、僧才的培养、寺庙的管理和整顿、经典文物的保护和整理等等，都进行了系统详尽的阐述。他主张参加劳动生产，自食其力，发扬“一日不作，一日不食”的古德，恢复释迦牟尼原有的光明和佛教的优良传统。他认为只有这样才能不被淘汰，才能适应时代的要求。他的这些观点和主张，抗战结束后在杭州开始得到部分实践。