同治元年（公元一八六二），闻父已告老还乡，始奉师命回鼓山充职事，历任水头、园头、行堂等，时逾四年。而后，又入岩洞再习苦行，一衲一裤，长坐不卧，木食涧饮。三年之后，外出朝山。到天台华顶龙泉庵，即尊融镜之教研习经教。初学天台教观，再学禅宗仪制於国清寺，继则参学至岳林、天童、普陀等刹。为报父母恩，三步一拜朝礼五台，历时千日，行程数省。一路上，饥寒雪掩，痢疾腹泻口流鲜血，三次大病，几奄奄待死，备尝艰辛，恒心如一，道业日隆。而后，出晋，穿陕，入川、抵藏，复进滇、越境至不丹与缅甸。回国后，承妙莲衣钵为临济第四十三世。又接耀成法脉，列曹洞第四十七世。清光绪二十一年（公元一八九五年）冬，在高旻寺禅七中精进勇猛，以悟为期。至八七时，开水溅手，茶杯落地，一声破碎，疑根顿断，悟透禅开，即述偈明志：［杯子扑落地，响声明沥沥。虚空粉碎也，狂心当下息。］［汤着手，打碎杯，家破人亡该难开。春到茶得处处秀，山沥大地是如来。］清光绪二十三年（公元一八九七年）为报母恩，在宁波阿育王寺燃指供佛。清光者二十六年（公元一九零零年）师北上再朝五台，行抵北京，遇战事随邑跸路西行至西安后，折回上终南山，结茅蓬於狮子岩，独修禅行。一日，静中入定，时逾半月，锅中煮芋，早已霉高寸许，坚冰如石。近远僧俗，多来探视，为避俗扰，自号［虚云］，改字［幻游］。二年后，再进川，上峨眉，入云南，登鷄足山，转达昆明，闭关於福兴寺，潜心读经，刻苦修行。三年出关后，即在归化、节竹诸寺讲经。稍后，发心重兴鷄足山，受请主持钵孟盂，即革除陋习，并将其改为十方从林。为募资鼎崖寺宇，只身前往南洋。一路上风餐露宿，历尽艰辛。清光绪三十一年（公元一九零五年）应寄禅电召回国晋京，申诉保护庙产。得肃亲王助，谕批获准，并得赐《龙藏》一部，［护国祝圣禅寺］额一块，紫衣、钵孟、玉印、锡杖、如意、全副銮驾，以及［佛慈弘法大师］封号。

次年出京，又奉嘱护送妙莲骨灰往南洋。归途经众皈依，多达万余。归国之后，仍住鷄足山。清宣统三年（公元一九一一年），为护寺产，息军人逐僧毁寺之举，冒顽强只身进见省军统李根源，以言相辩，用理折之，使其皈依佛门，鼎力助法。    　　一九一二年，应僧众电请，抵沪联络僧界，并为代表赴宁谒孙中山先生。次年，参加筹组中华佛教总会并出席成立大会。返回滇省，主持省分会会务。一九一八年主持昆明云栖寺修复，同时参与或主持兴福寺、节竹寺、胜因寺、松隐寺、太华寺、普贤寺等的修复。为此艰辛操劳，长达十余年之。到一九三四年，应闽省主席扬幼京等之请出任福州鼓山涌泉寺方丈。从此，又积十八年心血，全心护持祖庭。兴规矩，肃寺风，颁规约，创办佛学院，培育僧才。同时，应结外缘，多方募化，修葺寺宇，重建楼阁，添买田亩，兴办林场，弘扬农禅。数年之后，寺貌一新，名闻遐尔。期间，亲自主持整理佛籍，重秘本修纂山志。    　　

同年，数梦六祖相召回去曹溪，又得粤省政府主席李汉魂多番电邀，师乃移锡曹溪南华寺。初至，目睹寺宇破败，僧人星散，很为痛心，当即发愿重兴之。进而联络檀越，搭茅蓬安僧众。继则培修祖殿，再建殿堂，新塑佛像，历时数载，寺宇复原，气象更新。同时，重订寺规约，创办律师学院。每年传戒，如法如仪，四海闻之，积众而至。时值抗日战争，国难当头，师率先倡议减锡晚食，以济难民。又主持修复韵关大监寺，安置难民。    　　

一九四四年，师来到广东云门山大觉寺，眼见满目残墙断壁，荆棘从生，就连云门祖师——文偃大师的肉身也兀坐於危殿之中，不禁凄然泪下，即立愿以重兴为己志。於是，率僧清污除秽，挖基砌墙，在不到七年的时间内，新建一百八十余楹殿堂，新塑百余尊佛像装金饰彩，格外庄严。同时，兴办［大觉林场］，实践［农禅并重］。而且，延衍云门法脉，遥承并嗣法弟子十余人。一九四九年夏，应邀赴香港讲经。其时不少人劝其留港，师断然拒绝，法会圆满即返回云门。    　　

一九五二年四月，应京汉弟子邀请，师经武汉晋京。同年九月二十六日，主坛於北京广济寺，启建为拥护亚太和平会议的召开而举行的祝愿世界和平法会，隆重工业和仪，随喜者甚众。十月一日，代表中国佛教界，接受锡兰（今斯里兰卡）出席亚太和平会议代表团达马拉塔纳法师所献佛舍利、贝叶经和菩提树等法物。十月十五日，作为首席发起人出席中国佛教协会发起人会议。同年冬，应邀南下抵沪，在玉佛寺主坛祝愿世界和平法会，启建水陆道场。场面壮观，随喜皈依者达四万余众。    　　

一九五三年五月，师在北京出席中国佛教协会成立大会，并被礼请为名誉会长。期间，撰文发表感想，盛赞中国佛教协会的成立。会议结束后，师专程赴山西云岗石窟礼拜后取道武汉，於六月来到江西庐山，养病於大林寺。此时，师有意在江西往下，却感到大林寺人来人往难於清静，於十月二率侍者冒雨登上云居山，住进茅蓬。当夜与僧众商议，礼请职事。数日之后，即率从开垦荒地。不久，四方衲子近百人闻讯而至。次年，为弘扬百丈家风，主持成立［真如禅寺僧伽农场］，将僧众分为农林与建筑两队。农林队开春即事开垦，癖出水田数十亩，旱地十余亩，当即下种，秋天收引稻谷数百担，旱地所种红薯也获丰收。建筑队挖土烧砖，具炉铸铁瓦，年内二层楼铁瓦砖木结构的藏经楼千竣。在此悬挂沩仰宗钟板，每日昌晚上殿，坐香习禅。此后，仍率僧众如法修持，农禅并重，种地栽禾，修建寺宇，年复一年，日继一日，到一九五七年，主持真如禅寺重建修复工程大体完成。寺宇规划悉仿当年南华寺格局，前有重建的赵州关，而后山门、天王殿、韦驮殿、大雄宝殿、法堂、藏红楼等一字直排，左右两侧相对而建的虚怀楼、云海楼、客堂、功德堂、祖师殿、伽蓝殿等。东、西禅堂、斋堂、方丈室、库房等也一应具全。各殿堂佛像塑建如法循制，尊尊装金饰彩，端庄严肃。同时，师主持整顿寺规，严肃道风，每年夏讲经，冬禅七，创办［佛学研究苑］，培育僧才。一九五五年，应众戒子之请，开自誓受戒方便法门，为数百戒子授受三坛大戒。与此同时，以百余岁高龄，亲率僧众实践［农禅并重］，经营数千亩山林，水旱田地百余亩。到一九五七年，寺内实现粮食自给有余，每年产竹木和茶叶也获可观收入。    　　

一九五九年初，自感身体日渐衰弱，应继安排有关事务，主持岑学吕宽贤重新编辑的《云居山志》刊印流通，亲自为之撰序。师分别对真如禅寺诸职事作了交待。最后，谆谆告诫自己的待者，今后［如有把茅盖头或应住四方，须坚持保守此一领大衣，但如何能够永久保持呢，只有一字曰［戒］］。并留下将自己身后的骨灰撒入水中，与水族结缘的遗嘱后，於农历九月十三日在云居茅蓬内圆寂，世寿一百二十岁，僧腊一百零。荼毗之后，得五色舍利子数百粒。    　　

虚云一生，志大气刚，悲深行苦，解行并进，严净毗尼，行头陀行，弘法演教，建树卓著。除述及的传承曹洞、临济法脉外，还应湖南宝生等之请，续沩山法第，进承兴阳禅师之法，为沩仰宗第八世祖。应福建八宝山青持之请，衍法眼源流，继良广之后为法眼第八世祖。中兴云门时，遥承已庵深净禅师之法，为云门宗第十二世祖。这样，师以一身而参五宗法脉慧日重光，禅风再振。现代旅居美国的宣化，即是虚云授予的沩仰宗第九代传人，他秉承门师虚云教诲，弘扬佛法於天下，创建美国万佛圣城，业绩辉煌。虚云在整理、保护经典文献方面，也多有建成树。曾完成《楞严经玄要》、《法华经略疏》、《遗教经注译》等十余种著述。一生之中，讲经说法次数无法计数。仅由岑学吕宽贤与净慧先后编辑的《虚云和尚法汇》、《虚云和尚法汇续编》就多达百余万字。正如中国佛教协会前会长赵朴初所赞颂的，［遍立道场而无所住，广演法要而无所述。人我寿者无所得，故慧灯再燃亦无所续］。师圆寂之后，四众弟子万分悲痛，先后在江西云居山、香港芙蓉山、云南昆明市等处为其建立舍利塔。一九九一年，又在云居山建立［虚云和尚纪念堂］，以供人们缅怀这位现代禅宗泰斗。