杨仁山逝世后归葬于刻经处的庭院中，并建塔纪念。日本侵略军攻占南京时，金陵刻经处之经版、房舍损毁殊甚。1952年上海佛教协会成立金陵刻经处护持委员会，赵朴初任主任委员，推徐平轩主持恢复工作。同年吕徵结束四川江津支那内学院来南京，把内学院收藏的佛教文物、资料、经版等一并交刻经处。并首次刻补齐全印行《玄奘法师译撰全集》共76种，1347卷。1973年周恩来总理下达保护恢复金陵刻经处的指示。1980年刻经处得到完全恢复。1981年恢复刻印流通业务，深受国内外佛教界的赞赏。

金陵刻经处本为杨仁山自建私宅。占地面积11667平方米，房屋132间，有砖刻“金陵刻经处”门额，主要建筑有深柳堂、祗洹精舍、经版楼、杨仁山居士墓塔等。

深柳堂，坐北朝南，硬山顶，砖木结构，小瓦屋面，进深9檩8米，高6米。堂正中悬杨仁山画像和赵朴初题写的“深柳堂”匾额。

经版处，原为平房，现已改建为两层楼房。门上悬赵朴初题<<经版楼>>匾额,内藏经版125318片。

墓塔，建于1928年，为六角形喇嘛塔，高8.88米，上刻“杨仁山居士之塔”。塔置于花窗围墙的塔院之中。塔院占地面积165平方米。