在《坛经》中没有举出《文殊说般若经》的名字，但其所举“一行三昧”是出於《文殊说般若经》，而且在第四祖道信的“入道安心要方便法门”，早已引用过此经的“一行三昧”之修行方法，目的是在以该经的“念佛心是佛”说明《楞伽经》的“诸佛心第一”。《文殊说般若经》提到，在没有进入一行三昧之前，“应处空闲，舍诸乱意，不取相貌，系心一佛，专称名字”。进入一行三昧之後，便是“法界一相，系缘法界，是名一行三昧。如法界缘，不退不坏，不思议，无碍无相”。可见《坛经》引用一行三昧的目的，不在於般若的思想，而是在於修行的目的；著重的是一行三昧的本身，不是进入三昧的方法。所以《坛经》说：“於一切处行住坐卧，常行一直心”，《文殊说般若经》中并未作如是说，那是《维摩经》的境界，也可以说，法界一相，无碍无相；因为无碍，所以行住坐卧的日常生活，都在三昧之中。这到後来的“无门关”便说出：“那伽（以龙喻佛）常在定，无有不定时”的思想，实际上也是智慧的功用。

至於“般若三昧”之名，未见於任何其他经典，而《坛经》说修行般若行，持诵《金刚般若经》，就能入甚深法界及般若三昧。所谓般若行，是指离一切境而无生灭，能够“来去自由，心体无滞”，它就是“无住无往亦无来”的大智慧，以此智慧观照一切法而能够“无念无忆无著”，这就是见性成佛的般若三昧。

在《坛经》中也特别强调摩诃般若波罗蜜，并且要大众以清净心来念这句话，能得智慧；念时不仅是用口念，而且要心口相应，可见这是修行的方法。他把“摩诃”解释为广大的心量，如虚空无有边，没有一法可得，因为自性真空。可是《坛经》又提醒我们，不要认为是空就以空心静坐而成无记空；也就是说，既对一切法不可执著，也不可让心中成为一片空洞。这还是从修行的方法来肯定“应无所住而生其心”的观点，同时也否定了一般所说的“沈空滞寂”就是悟境的观念。禅宗的悟是指在活活泼泼的生活中，不受任何境界所动摇的心。

《维摩经》的不二思想。在该经中有二十七位菩萨提出二十七种不同的观点来说明对於“不二”的看法，都是用两个相对的观念和事物来说明既非一亦非二的道理。世间的一切学问，不论是由哲学、宗教和科学等任何立场来看世间的现象和观念，都不出相对的或二分法的观点。即使是讲一元论也是二分法，因为讲二是对立的，讲一也是等於二，因为单独的一不能成立也不可能出现，只有从多才能见到一，或者从一切的现象而看全部的本体。如果要讲一，一定是二或是多，所以不管站在那个立场，总有它的矛盾不通之处，因《维摩经》提出不二的观点。不二不等於一，也不等於二，那是真不二。也可以说，二是一的两面，一是二的全体；有一一定是与二同在，有二一定不离一。此即《坛经》所说定慧不二、动静不二、善恶不二、众生与佛不二、世间与出世间不二等等。因此，《坛经》最後的咐嘱品说：“动用三十六对”；所谓动用，是从清净的自性而取智慧的功用。六祖理出三十六对相对的观念和事相，要大家能够出离两边而通达地运用，实际上也就是不二法门的衍伸。

《大乘本生心地观经》的四弘誓愿，是菩萨戒的基础，又叫做一切菩萨成佛的通愿。发大乘心，求成佛道，就是菩萨初发心。若要求受菩萨戒，先要忏悔、发愿，然後接受三归，《坛经》就是以此架构来劝人实践它的法门。不过，《坛经》在四弘誓愿之上多加了“自心”和“自性”的观念，因为自心是无量广大的智慧心，自性是清净不动无障碍的佛性，所以发愿度无量众生不是心外真有众生可度，断一切烦恼不是心外真有烦恼可断，修学一切法门不是心外真有法门可学，成无上佛道不是心外真有佛道可成。如果不是这样，便成了心外有众生、有烦恼、有法、有佛，那是二法，不是不二法；那是执著攀缘；不是解脱自在。但也因此造成许多人的误解：自己尚在烦恼中而说没有烦恼，也不需要断烦恼；不懂佛法而认为没有佛法可学；无能帮助众生而认为心外没有众生需要度；不知佛道是什麽就认为不需要成佛。这就变成了邪见，亦即《坛经》所说的“邪迷”、“诳妄”、“不善”、“嫉妒”、“恶毒”等的心理现象。