入宋以来，从“太宗至仁宗，三代圣主，眷想灵峰，流光五顶，天书玉札，凡三百八十轴。恢隆佛化，照耀林薮。清凉之兴，于时为盛”（《清凉山志》）。北宋诸帝崇奉佛教，在唐宣宗兴佛的基础上，又使五台山佛教得以发展和兴盛。太宗敕建太平兴国寺，诏令“五台深林大谷，禅侣幽栖，尽蠲税赋”（《清凉山志》）。并重修五台10寺。宋真宗于景德四年（1007），曾敕五台真容院，建重阁，设文殊像，赐额“奉真阁”。

元兴，崇尚佛教。元世祖敬僧礼佛，修葺五台山12佛刹。成宗为皇太后建寺于五台山，并于元贞二年（1296）至五台山，瞻礼文殊，礼重五台山华严菩萨正顺法师，并敕建万圣佑国寺。武宗时亦大规模建寺于五台山，礼重五台山真觉大师，授以僧统之职。仁宗时置五台寺济民局，并“敕五台灵鹫寺置铁冶提举司”，开采铁矿。英宗也曾于至治二年（1322），至五台山朝山拜佛。泰定帝敕建五台山殊样寺，赐田三百顷。文宗也多次遣使至五台山作佛事，祈福安民。

明代诸帝为了祈福延祚，巩固边防，吸取前朝经验，尊奉佛教，尤其崇奉五台山佛教。太祖幼出佛门，自然崇佛敬僧，曾对五台山璧峰禅师优加礼遇。明成祖于永乐元年（1403），就迎请哈里麻，后赐銮舆、旌幢、伞盖之仪，遣使送往五台山，并为其重修显通寺和大白塔。黄教祖师宗喀巴的弟子释迦也失，于永乐十三年（1415）至五台山朝圣，成祖曾几次致书慰问，并敕赐袈裟禅衣、镀金莲座等。明英宗敕造《大藏经》5藏，安于5座台顶。宪宗于成化十七年（1481），造丈六镀金文殊像及画像百轴、香金5百两、布帛千尺，念珠万串，敕赐五台山文殊寺。正德二年（1507），武帝“敕建铜瓦殿，赐额广宗寺，兼圣谕护持”（《清凉山志》）。又于中台顶建寺，赐额演教寺。神宗受到慈圣皇太后的影响，十分崇佛。万历年间，敕建大塔院寺并舍利宝塔；于狮子窝修建洪福万寿藏经楼阁；于龙泉寺复建万圣阁；敕建圣光永明寺(即显通寺)。神宗还多次于五台山举行规模盛大的法会，使五台山佛教盛极一时。

清朝10代帝王，大多信佛，且特别崇奉喇嘛教。从始至终，推行一套“以黄教绥柔蒙古”的策略，所以对五台山藏传佛教也给予特殊的礼遇。顺治十年（1659），就令阿王老藏卓锡五台山，总理番汉经典。次年，又令老藏丹贝为清凉山住持，修葺菩萨顶等寺。康熙皇帝曾5次朝台。康熙二十二年（1683），第一次朝台，敕赐阿王老藏为“清凉老人”，且赐龙袍、貂座、靴衣、香银等物，还命老藏丹贝重修五顶寺宇。次年，菩萨顶大殿改覆琉璃黄瓦，并“于菩萨顶设立永镇把总一员，马兵10员，步兵30名，护守香火供器”（《山西通志》）。在五台山佛教史上这是绝无仅有的。以后，菩萨顶成为钦命管理五台山喇嘛事务掌印札萨克大喇嘛的居处，前后共驻锡过19任札萨克大喇嘛。同时，从康熙年间至清末，朝廷还让统辖内蒙古、青海佛教事务的大活佛章嘉呼图克图住在五台山镇海寺。康熙皇帝5次巡幸五台山，敕赐梵文藏经两部、匾额55块、作诗15首、碑文20余道，修葺寺院20余座，做各种道场8次。乾隆皇帝也曾巡幸五台山6次，修葺演教、望海、法雷、普济、灵应、显通、殊像、碧山、镇海等20余寺，御制碑文8篇，题匾45块。雍正、嘉庆也来过五台山。以后，国势日衰，清室再未朝台。但在光绪九年（1883），还重建了大万圣佑国寺，称为极乐寺。慈禧太后还御书了“真如自在“四字，赐予普济和尚，如今还存于南山寺。