2008年11月，中国大陆海协会会长陈云林访问台湾，这是继一九九一年辜汪会谈之后，海峡两岸一次最高层级的互访。陈会长访台唯一会见的民间人士是慈济创办人证严上人。 陈云林会长希望会见证严上人的最大理由是，他希望经由这个机会当面代表大陆灾民与政府，感谢慈济志工在过去十九年来，默默的在二十三个省分，对贫困人民与受灾之民众无私的付出与奉献。陈会长与证严上人会面之地点选在台北关渡的大爱电视台之大爱厅，使它成为一个见证大爱的难得之因缘。席间陈会长一再感恩上人带领慈济人对大陆同胞之真挚爱心，上人也展示慈济志工利用环保回收的宝特瓶再制成之赈灾毛毯与毛衣，这些毛毯已经有几万条送往四川汶川地震赈灾之用。双方见面的时间只有半小时，但是气氛庄重、温馨，融洽、愉悦，一种大爱的情怀回荡在广阔的大爱厅里。

翌日，11月7日的中国时报以头版注销陈会长与证严上人会面的照片，照片中陈会长双手合十虔诚向证严上人感谢的镜头，说明并捕捉了两岸最具历史意义的和谐与大爱之典范；这典范之型塑，应追溯到慈济在一九九一年启动驰援大陆华东水患的关键性决定。

一九九一年大陆发生百年罕见之水患，整个华东与华南地区十多个省份深陷洪涝之灾。证严上人透过电视镜头看到千千万万的灾民，甚至上亿的灾民于寒冬之际，无家可归。大水不退，灾民饥寒交迫。他于是号召慈济人组织赈灾小组前往大陆勘灾。赈灾小组由王端正副总带队，前往北京与大陆官员交涉。由于大陆对于来自台湾的慈济基金会所知有限，加上官员希望慈济捐钱，而不是直接发放，这与慈济直接重点之原则有所不同，因此初期的交涉并不顺利。之后，当时民政部阎明复副部长知道台湾慈济有意到大陆赈灾，就连络还在北京的王端正副总，并立即邀约见面。见面中阎前副部长表达欢迎慈济前往灾区驰援，政府愿意全力配合。王端正副总表达了证严上人不舍灾民历经天寒地冻，无家可归之苦，希望尽一己棉薄之力，协助灾民度寒冬。王副总并以“一个目的，两个原则，三个不为，四项物资，五个配合”为题，向大陆官方说明慈济无所求付出的慈善精神与理念。“一个目的就是赈灾”。两个原则是“重点与直接”。灾区范围很大，慈济希望投入“重点灾区，并且直接发放”。“三个不为，是不谈政治，不做宣传，不刻意传教。”四项物资包括食、衣、住房、医疗等援助，而五项配合是期盼政府单位提供灾民名册、车辆、发放地点等协助。王端正副总与阎前副部长相谈甚为融洽，阎明复前副部长说：“即使只有一块钱，也是很感激。”这次会谈开启了慈济对大陆水患的援助计划。

在阎前副部长允诺全力安排下，慈济赈灾小组一行人第二天搭飞机直往安徽合肥，抵达时已经是傍晚时分，相关干部在办公室接待慈济人，灾情简报当中提到，安徽省有七、八十个县遭淹没，王副总表示以灾情最严重，且目前最没有人前往关怀的县为优先救援目标，于是坐夜车连夜到全椒，四、五个小时的颠簸路程，终于赶到全椒县的招待所，虽然如此，县里对台湾来的赈灾团，特别是打着“佛教“名号的团体，都难免有一些思虑，县长和其它干部于是以红十字会会长的身份来和慈济人谈。

慈济初期的赈灾过程中，第一线的志工仍然遇到不少与当地官员沟通上的挑战。由于海峡两岸相隔数十载，在一开始接触总有许多文化与思想的异同。有些志工在遇到挫折之际，打电话给在台湾的证严上人请求指导，上人告诫他们，赈灾的工作是我们自己要去的，没有人要求我们去，任何的困难都必须耐心、虚心的去沟通解决，这才是菩萨道。我们帮助人的人，如果遇到一点苦就退转，那灾民怎么办？志工在上人的鼓励下，持续的进行各种物资与医疗之援助，并且兴建住房与建学，让灾民能够安身、安心与安生。而在台湾，证严上人深体灾民之苦，那一年寒冬，他不穿厚衣，立意要体会灾民之艰辛，也鼓励第一线的志工必须无怨无悔的为灾民付出全部的心力。

但是就在慈济志工竭力援助大陆灾民之际，来自台湾的反对声音却越来越激烈。部份人士与媒体为文批判慈济为何帮助大陆。他们说慈济的举动无异是在帮助“敌对者”？然而在证严上人的眼中，天下只有受苦需要帮助的众生，何来敌我之分？慈济在台湾做慈善工作将近半个世纪，在国际间不管是哪一个种族、国籍、肤色，“无缘大慈，同体大悲”的胸怀都是一致的。对于不同种族的人慈济都在帮助，何况台湾与大陆同文同种。然而一段时间以来，政治的压力仍然存在，有些会员甚至说，如果慈济继续帮助大陆，他们就不再捐款。很多会员的确停止捐献慈济。在众多压力底下，特别是在一九九六年的两岸飞弹危机，与千岛湖事件之际，慈济基金会持续长期援助大陆的贫困灾民，引起许多激烈人士的持续反对与抨击。在此之际，慈济资深的干部与志工就劝上人，是否暂缓救助大陆的工作。但是证严上人却十分坚决的表达，即使慈济的会员因此不再捐给慈济，只要他一息尚存，他仍会以自己的力量帮助所有深受灾难与贫病所苦的人们。不管他们是处在何种区域、国籍、宗教或种族，他济世救人的心念决不会动摇与改变！证严上人在一次开示时说：“有些人会说大陆和我们是敌对状态，为什么我们要去救呢？普天之下，只要有生命的地方，我们一定要去关怀，有人受难的地方我们一定要去救，这是慈济的宗旨。人命总是需要人与人之间互相爱护，希望大家能用菩萨心、用佛心、用仁义的毅力，共同来推动为大陆救灾的工作，希望慈济的宗教精神，能唤起大陆宗教的慈悲大爱。”

在上人坚决地大爱意志的感动下，慈济志工即使再遇到任何重大的阻力，他们仍持续进行对于大陆贫困感恩户的各项必要之援助工作。从一九九一年到二○○八年之间，慈济志工的足迹踏遍大陆二十三个省份。大陆政府从一开始的小心翼翼，到现在，地方的干部在慈济发放过程中会主动投入做志工，慈济人无私付出的情怀的确建立了台湾人爱心的典范，也塑造了非政府组织对于社会困苦之援助，所能启动的巨大能量与作用。慈济在大陆兴建四千多个住房，四十多所学校，助学对象超过七万名学生。住房部份，上人经常告诉志工，兴建房子给灾民的标准规模，必须是我们自己都想住的房子，才可以盖给灾民住。