瓷器也是萨迦寺的无价之宝，萨迦寺收藏的各种瓷器约有2000余件，其中多为元、明时期的瓷器，也有少量宋瓷。

瓷器有动物类的、有酒瓶、酒杯、壶等种类。由于是皇帝们赠送给历代法王的，所以才保留下这么多的瓷器。

萨迦寺收藏的明宣德年间的景德镇宫窑青花五彩莲池鸳鸯纹高足碗堪称绝品。该碗外壁上部绘青花五爪龙纹，下部绘五彩鸳鸯两对嬉戏于莲池之中，内口沿则围一圈青花吉祥藏文，目前世界上仅此一件。2001年5月它曾在上海博物馆的《雪域藏珍——西藏文物精华展》上亮相，引起轰动。