萨迦寺从建寺至今已有900多年的历史，其间萨迦王朝统治全藏70余年，寺内所藏文物极其丰富，其中尤以经书最为著名。

萨迦寺的大殿“拉康钦木”主供佛为释迦牟尼、萨迦五祖灵塔。殿内有四十根红漆大柱直托殿顶尾架，以中间四根尤为粗壮，经堂内藏书浩繁，西墙正面及南、北两墙壁是著名的经书墙直达殿顶，计44000余部，世所罕见，人称“天成神妙殿，倒墙不覆经”。在这些经卷中，有一部世界罕见的夹板式经书《布德甲龙马》重达千余斤，是世界上最大的经书，还藏有世间已存数极少、极其珍贵的稀世珍宝——贝叶经。萨迦寺所藏宗教文物、文献典籍、历代王室御赐和敕封的文物琳琅满目，文物价值极高。

萨迦寺内的经书墙高10米、长60米，寺内喇嘛和当地文物专家估计，这些经书约有8.4万卷。西藏三大重点文物保护维修工程2002年6月开工，其中包含萨迦寺维修工程。利用这次萨迦寺维修的机会，西藏自治区组织有关专家将全面了解经书墙经书内容，并对其进行整理、编目等。

经书墙里除了经书以外，地理、医学等书也非常丰富。经书全是手抄本，用的多是萨迦王朝所产的藏纸。经书用了7种墨粉书写，金粉、银粉、红珊瑚、绿松石、珍珠粉、象牙以及历代法王的骨头粉，字体全是古藏文，从数量上看有8万4千本经卷，就是研究这些经书目录也要100年，这在西藏自治区、全国、甚至是世界，都是独一无二的。其中，世界之最的经书是八思巴亲手抄写出来的。经书里还有贝叶经，整个藏区里贝叶经保存最多的就是萨迦寺，现在保留下来的有20多部贝叶经，都是无价之宝。萨迦王朝时期，萨迦寺还是整个藏区的译经院，因此，印度经书的原版也都保留下来了。