学校设有轻工技术与工程、食品科学与工程等2个博士后流动站和10个博士点，覆盖发酵工程等16个二级博士学科专业和39个硕士学科专业。现有在校硕士研究生、博士研究生2500余人。学校拥有4个国家级和部省级重点学科，建有教育部、国家计委批准的“国家生命科学与技术人才培养基地”，培养本硕连读、本硕博连读的高层次人才。学校建有科技部、国家计委等批准的“发酵技术国家工程研究中心”等10个国家级、省部级研究中心、实验室。食品科学、发酵工程等2个国家重点学科在国内同类学科中具有独特优势，实力雄厚，处于领先地位，在国际上有一定影响。   

学校师资力量雄厚，现有专任教师1548名，其中中国工程院院士3名（2名为双聘院士），教授184名，副教授480名。由300多名博士生导师、硕士生导师组成的学术带头群体，为科技创新、高层次人才培养奠定了厚实的基础。   

作为我国轻工、食品、生物技术高科技的摇篮与依托单位之一，“十五”期间，学校承担并完成了大批国家重大科技攻关项目及省部级应用基础研究课题，其中包括国家“973”项目、国家重大专项项目、国家“十五”攻关项目、国家“863”项目、自然科学基金项目、科技部农业成果转化资金项目、江苏省“十五”攻关项目等，已有200多项研究成果经过鉴定或验收，其中有80多项成果填补了国内空白，达到了国际先进水平，40多项科研成果荣获国家和省级科技进步奖，另外还获得一大批市级奖项。2004年，学校获准立项的纵向科研项目97项，横向科研270多项；鉴定或验收科技成果86项，其中30%以上成果达到国际领先或国际先进水平；共发表各类论文2700多篇，出版专著130多部，被国际三大检索收录论文143篇；获部省级以上科技成果奖励8项，其中1项科研成果获得江苏省科技进步一等奖；全年申请专利386项，学校专利申请量位居全国高校第7名、江苏省第1名。2005年上半年专利申请量进一步攀升，共申请专利199项，在全国高校中位居第五。人文社科领域承担的项目在层次和经费等方面都有较大增长。   

学校重视面向经济建设主战场，加快科技创新，推进科技成果产业化。积极参与国家西部大开发和江苏省沿江经济建设，充分发挥学校在轻工、食品、纺织、环境、化工、生物医药等方面的科技优势，紧密结合社会需求，在科研开发、技术服务、人才培养等方面与企业开展全面合作，推动企业的技术改造和产品更新换代，为国民经济和社会发展作出贡献。与地方政府合资建立的省级大学科技园，成为高科技研究项目的重要孵化基地。学校还成立了由海尔集团、茅台酒集团、青岛啤酒集团、北京燕京啤酒集团、绍兴黄酒集团、江苏小天鹅集团等100多家企事业单位加盟的董事会，注重学校与企业、社会之间的联系，促进了产学研的结合和为社会各方面的服务。各院（系）建有二级董事会，共有400余家企事业单位参加。校企合作结硕果，中国电信、丹尼克斯（中国）有限公司、嘉里粮油（深圳）商务拓展有限公司、东海粮油工业（张家港）有限公司、国民淀粉上海化学有限公司、希捷电子、三得利（中国）投资有限公司、青岛啤酒集团、重庆啤酒集团、杰能科生物工程有限公司、广州天赐高新材料科技有限公司、国际特品（ISP）（香港）有限公司、东洋之花化妆品有限公司等大型企业都在学校设立各类奖学、奖教金，每年发放的奖学金总额达800多万元。