明代开国皇帝朱元璋17岁在安微凤阳皇觉寺出家，后投入白莲教军中，推翻了元朝。洪武年间分寺院为禅、讲、教三类，禅为禅宗，讲为天台、华严诸宗，教为律寺并持瑜伽显密法事，举办民间祈福追善事。朱元璋仍优遇藏地喇嘛，尊为国师帝师。成祖朱棣依僧道衍（姚广孝）而当权称主，永乐年间为《法华经》作序，亲自撰集《神僧传》，对蒙藏喇嘛赐有多位法王、西天佛子、灌顶国师等。此后佛教以禅宗与净土兴盛，但无论高僧大德抑或居士儒官，均倡念佛净土，并主张三教合一观。曹洞禅僧无异元来倡导禅僧念佛、发愿往生净土；唱言教禅合一，禅净一致。李贽公然以佛学批道学，开辟居士佛教。袁宏道兄弟参禅，修净土念佛，写作上抒“性灵”，直接呼应谢灵运之“灵性”。

明代文人居士念佛修净土一直影响到民国初年。明末四大高僧学识高迈，皆强调净土观，云栖株宏自称“予一生崇尚念佛”。紫柏真可观点近於株宏，他发起雕印《嘉兴大藏经》，在佛内教宗及与儒道关系都能圆融摄朗。憨山德清追随法会禅净兼修，湡益智旭“融会诸宗，归极净土”，以“孝”调合儒佛。明代民间佛教与三教合一观的发展，促使“善书、宝卷”大为发展。从唐代佛教变文经宋代下层信众演进的宝卷，择合三教，佛教故事加入民间传说，在社会上广泛流行，在民间宗教社团更奉为经典，万历期间宝卷刊印达到极盛。有关观音菩萨的宝卷就有多种多样，最著名有《香山宝卷》、《普陀宝卷》，还有《白衣观音宝卷》、《观音游地狱》及《鱼篮观音宝卷》、《善财龙女》等，还有《法华经》与《心经》的宝卷，皆从明清愈益转盛，及至民国流布不衰，其数量至也有二十到三十种之多。

宝卷深入民间并讲唱宣传，《香山宝卷》托为北宋普明禅师撰，述妙善三公主为父王治病，舍去手眼，结果得千手与千眼，成为大悲观世音菩萨。这是中国化的观世音菩萨，是将密宗系发大愿力的千手千眼观音民俗故事化了。美国梅维恒教授就从敦煌一画卷为据，深入广阔地探讨了全世界范围的讲唱文学与宗教经本的关系，惊人的发现时此种仪式的深广。妙善公主即观音化现观念是极为深入中国人心理与民间，元代大官并书画家赵孟涣]的夫从管道升写有《观音菩萨传》，与香山宝卷一脉相承地叙述妙善公主事迹，但《妙法莲花经》妙庄王之女事迹真正是妙善公主的原型，英国杜德桥教授注意其间的联系，有很好的论述。