师主持定慧寺三年，颇多建树。退居后游化京沪，广结法缘。民国三十八年（一九四九年）四月，战局恶化，京沪告急，东师避乱来台，初抵基隆港，不能登岸，以佛教大护法李子宽居士担保，始得下船。到台北后，寄住台北市北投法藏寺。是年六月，台湾发生“法难”事件，包括慈航、道源、星云等许多法师在内，为官方拘捕。李子宽、董正之、丁俊生、孙张清扬等居士奔走营救。东师在大陆具有“中国佛教会”常务理事的身分，具有同样身分的尚有章嘉活佛、李子宽居士二人，他们三位约同南亭法师、白圣法师成立“中国佛教会驻台办事处”，由东师担任主任，南亭法师任秘书，白圣法师任干事，向内政部备案，并出面保释被拘僧侣。这是后来民国四十一年（一九五二年）间，中国佛教会在台复会之先声。

当时，成一法师与张少齐居士，在台北中华路开设觉世图书文物社，东师想办一分刊物，宣传佛教，找他二位商谈。二人极力赞成，张少齐居士并联络张孙清扬居士支持经费，南亭法师也答应按期写稿，于是外省法师在台湾创办的第一分佛教刊物《人生》月刊问世了。发行之初，每期只有十二页，一年之后，版面增为二十四页，发行网由台湾扩展到东南亚及新大陆。

民国三十九年（一九五○年），东师为了专心写作，藉《人生》月刊以弘扬正法，乃于佛诞日在法藏寺掩关，在关中阅藏并主编该刊。三年期满出关，观察局势一时不能回大陆，乃向阳明山管理局租得一块公地，亲自披荆斩棘，移沙搬石，辟为建筑基地，兴建“中华佛教文化馆”，作为推展佛教文化事业的基地。而推展佛教文化，当务之急莫若影印《大藏经》，因为当时台湾找不到一部完整的《大藏经》。

时孙立人将军的夫人张清扬居士，热心护持佛教，她自日本购得《大正藏》一部，以军用机运到台湾，供东师作蓝本。东师乃组织“印藏委员会”，敦聘陈副总统辞修、于院长右任等政要，及章嘉活佛、智光老人、印顺法师、南亭法师、星云、煮云法师，及赵夷午，李子宽，张默君，孙张清扬等缁素大德为委员，着手进行。两年之间，印《大正藏》五十五巨册八百部，继而又印续藏四十五巨册，完成全部藏经影印，复利用印藏余款，建“印藏纪念堂”于文化馆大殿之左侧，用以纪念出资缁素及储藏经书之用。

在影印大藏经的同时，佛教文化馆也举办社会救济工作。当时台湾经济落后，民间生计艰难，东师自檀香山募得寒衣，向富有的信徒募得钱米，从事冬令救济，受惠贫民为数极多。东师性嗜文史，关心佛教文化教育事业，民国四十四年（一九五五年），他又创办《佛教文化》季刊，由此可见他志趣所在。

民国五十八年（一九六九年），东师六十二岁，为了探望他在日本留学的剃度弟子圣严法师，老人东游日本，在圣严法师陪侍下，访问东京、横滨、镰仓、京都、奈良、神户等地名胜佛剎，并拜访佛教领袖与著名学者，就佛教现代化、学术化等问题交换意见。同时搜集了大批资料，作为回国后写作之用。回国后，不问外务，专志于著述。以后多年，先后撰着《中日佛教交通史》、《中印佛教交通史》、《中国佛教近代史》等几部具有学术性的巨著。

他为撰写《中印佛教交通史》，曾于民国六十六年（一九七七年）西游印度，巡礼圣迹，以充实他写作的内容。赴印度之前，即闻我国旅居印度多年的悟谦法师，为了沟通中印文化，在印度加尔各答兴建了一座“玄奘寺”。他为此赞叹不已，上书蒋中正总统，蒋总统亲书“玄奘寺”匾额一方，东师带到印度，代表蒋总统颁赠给悟谦法师，为玄奘寺增光。