2009年7月初，江西赣州遭遇特大暴雨，发生了严重洪灾，紧急转移群众超过10万人。赣州市崇义、大余、信丰、赣县、石城、瑞金和南康等7个县（市）84个乡（镇）受灾，受灾人口63.28万人，倒塌房屋13959间。

在赣州地区干部群众、解放军、武警部队官兵等共同抗洪救灾的时候，东林慈善功德会也随即付出关注。会长镜义法师立即做出决策，派出工作人员对赣州受灾最严重的崇义和大余两县进行灾情调查并落实救助行动。

东林慈善功德会负责赈灾项目的工作人员，在7月8日赶到了灾区，考察后发现灾情十分严重：山体滑坡多处，许多道路中断，不少田野被淹，庄稼被毁，居民的住房倒塌损毁数量较多，甚至有的被整体掩埋，生活生产物资损失巨大，有些人家遭遇了毁灭性打击。

当地倒塌房屋的无房户，大多家境贫寒，住房为上世纪七十年代建造的土木老房。他们基本无力重建新房，只有依靠政府或社会力量的帮助。许多民众寄居于亲戚家中或政府发给的帐篷中，其衣食及其它物资，或埋在泥泞之下，或者遭受损毁。一切生活物资都非常匮乏，急需救助。一些特别贫困的灾民此次遭受了灭顶之灾，生活更是没有了着落。

为此，东林慈善功德会决定第一步对部分最困难、最急需的全倒户，救助最基本的生活物资——米和油。

7月11日，功德会增派人员前往灾区。7月13日，功德会工作人员和当地志愿者，在地方政府的协助之下，对最困难的大余县吉村镇全倒户（137户）、浮江乡全倒户（181户）计318户人家，发放了米和油。7月15日，功德会当地志愿者们自发捐款对崇义县义安村、石罗村、西峰村计34户特困全倒户发放了米和油。同时工作人员和志愿者还给灾民送上结缘的佛珠和佛教书籍，使他们得到的心灵关爱，特别欢喜。

东林慈善功德会下一步救助行动，将对崇义县和大余县一些无力建房的特困全倒户援建慈善爱心屋。