涌泉寺的方丈室又称“圣箭堂”。传说当年闽王到雪峰请义存法师来鼓山主持寺时，义存不能脱身，他推荐自己的高徒神晏代替，神晏离开雪峰时，义存法师依依不舍，他认为神晏此去定能干出一番大事业，定能使鼓山超出雪峰，就对众僧说：“一支圣箭，直射九重城去了”。故称“圣箭堂”。

在方丈室的庭院内种有三析铁树，相传有两株树龄已超过一千年，其中一株为闽王王审知所种，一株是开山祖神宴法蚰所植。1929年虚云老和尚应当时福建省主席杨幼京之请，回鼓山涌泉寺任住持，讲经传戒、整顿寺规、创办戒律学院，恢复禅堂规制，修建颓废殿宇，整顿经版文物，勋劳卓著。1930年，他为僧众讲《梵网经》，恰逢两株千年的凤尾铁树开花，远近来观乾，络绎于道。当时，聘任羯摩师文质和尚撰小文记之：“庚午春（1930）值虚云兄主持石鼓，传授戒法，余以随喜之余，航海赴闽，参予盛典。既至。则铁树开花，繁茂无比，花大如盆，须瓣若凤尾，咸以优昙相庆。询之耆日，皆言叟物也，其一为闽王手植，一为圣国师手植，迄今千载，敷此妙华，实为希有。邀虚兄摄影留证，用志涌泉寺瑞应焉。”是年虚云和尚已九十一岁了，方丈室铁树三株，两雌一雄，雄花似小狐尾，雌花如黄绒球，真是奇观，近期年年开花，游人可饱眼福。

灵源洞位于寺之东，此处怪石嵯峨，摩崖题刻密集，堪称碑林。其中以宋蔡襄、李纲、赵汝愚、朱熹、张元斡，明谢造制与、近现代太虚法师、郭沫若等人的摩崖题刻最为著名。涌泉寺有悠久的刻经史，据《鼓山涌泉寺经板目录》一书统计，至1932年止，共刻经359种，其中明刻84种，清刻195种，多为楷书方册，精妙绝伦。1929年，弘一大师来寺，见后，大为赞叹，誉为“庋藏佛典古版之宝窟”。