向北而行可到藏经阁，其建筑壮丽，装饰典雅，是归元寺收藏文物的宝库。阁内藏有清<大藏经>一套和贝叶真经、牙雕或铜铸佛像，俱为珍品，此外尚有国外赠送的佛事文物若干。正厅陈列了一座缅甸玉雕释迦佛像，十分精美。

藏经阁向西，绕过大士阁，南行至南院的罗汉堂，进入内室，可以看见呈”田”字形排列的五百罗汉。它们起伏坐卧，喜怒哀乐，各具姿色，各富特色，或盘腿端坐、或抱石问天、或研读佛经、或驱除邪魔，动作各不相同，有的勇武、有的温和、有的天真憨坦、有的饱经沧桑，表情个个有异，有的在怡然自得地掏耳朵，有的在百无聊赖地打着呵欠，使人忍俊不禁。罗汉制作的工艺水平很高，为十九世纪末清光绪年间黄陂县王氏父子费时九年制成。工艺上采用了漆布脱胎漆型的特殊方法:先用泥胎塑制模型，再用厚布、生漆逐层粘贴套塑，并使每座罗汉的头部、两肩、肋骨、腿骨等各自形成一个倾向，从而用艺术的线条形象勾勒出一个大的面，使动作、表情各异。这种工艺方法既利于固形，经久不变，又能够防腐，经久不坏，此法为中国独有。一九五四年武汉发大水，五百罗汉满堂飘浮，水退之后却完好无损，因此武汉民间又有了“五百罗汉洗过澡”的说法。

归元寺也是近代佛学复兴的发源地之一。一九二二年间春，太虚法师在归元寺讲经弘法，时听者甚众，激发太虚弘法志愿，与两湖听讲的名流商议，为更好地弘法利生，必须设立佛学院，广泛培养佛学人才，此是武昌佛学院得以兴办的缘起之一。