1225年，曹洞宗第十三代祖如净禅师(1163-1228)住持天童。他在修持上偏重打坐，认为参禅是身心脱落，只要打坐离五欲、除五盖，便是和佛祖相见。时日本僧人道元漂洋过海，从如净禅师习曹洞宗，得法后回国创立了日本曹洞宗。

元朝顺帝敕赐元良禅师“善觉普光禅师”号。明洪武十五年(1382年)，朱元璋册封天下名寺，赐天童禅寺为天下禅宗五山之第二山。万历十五年(1587年)，鄞县发生特大水灾，寺院冲成一片废墟，是岁冬住持因怀重崇祯四年(1631年)，临济宗第三十世密云圆悟禅师(1566-1642)住持天童，先后修建天王殿、先觉堂、藏经阁、云水堂、东西禅堂、回光阁、返照楼等，重开万工池，修造七宝塔，奠定今日寺院布局和规模，被称为天童寺鼎盛时期。

清朝时，天童寺与镇江金山寺，扬州高寺、常州天宁寺共称为“禅宗四大丛林”。顺治十六年(1659年)，世祖召寺僧道忞进京敕谕，赐天康熙“宠法”寺名。次年赐帑金千两装修佛殿，敕道忞“弘竟禅师”号，并御赐重40两银印一枚，沉香色道袍及千针纲衣等物。四十四年(1709年)，敕赐御书金字心经宝塔一幅、金字心经一卷，雍正皇帝赐御书“慈云密布”匾额及柱联等。光绪 二十八年(1902年)，敬安禅师(1851—1912)任住持，将十方丛林住持继承制度改为十方选贤制度，这是佛教丛林制度一大进步。敬安，字寄禅，湖南湘潭人。他在阿育王寺礼佛舍利，燃二指供奉，自号为“八指头陀”。他创办僧众小学和民众小学，成为我国佛教办学之始。

1912年被选为“中华佛教总会”第一任会长。生平以诗交友，有“我虽学佛未忘世”、“国仇未僧老僧羞”等诗1900多首，被称为“爱国诗僧。”现代著名僧人圆瑛大师于1930年任天童住持，他在升座时宣布了“十一不”，并着手整肃寺规，树立道风，修葺殿堂，建树颇多。解放后，寺院得到政府保护， 政府列为二级文物保护单位。“文革”期间遭到严重破坏。1979年，国家拨款修复天童寺，广修法师任住持，经过几年努力，古刹重辉，法炬复燃。1988年退居。

现任住持为中国佛教协会副会长明法师，他幼年在天童寺剃度、受戒，是圆瑛大师入门弟子，临济宗第四十一世法嗣。